故事延續(xù)上一集的劇情,機械大軍正在集中全力準備入侵隱藏在地底的人類最后都市錫安,另一方面,錫安的人民相信莫斐斯找到的這個救世主尼歐將會應驗祭師的預言,終止人類與機器之間的戰(zhàn)爭,但是卻沒有人知道,這位救世主正被他自己的夢境所苦bbb。母體發(fā)現(xiàn)人類最后的堡壘城市錫安原來藏在接近地球核心的深處,而人類只剩七十二小時能阻止幾千艘狀似烏賊的巡邏艦大舉進攻。他們的唯一希望就是找到一名被稱為關鍵人物的神秘人物,而他則是受到一對耍彈簧刀的大壞蛋雙胞胎看守,這對白子雙胞胎殺手擁有如鬼魂般的隱形能力。肩負維系人類存亡的重要任務,尼歐將會遇到更大的阻撓與挫折,他想象不到的命運選擇也阻擋在他的面前。一切正如先知所說的,你不是來這里做選擇,你早已經(jīng)作出選擇了,你只是來這里了解自己為何會做出這樣的決定。萬一他選錯了呢?……